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Text File  |  1995-03-04  |  1.4 KB  |  34 lines
  1. *********************************
  2. * Dps protein family signatures *
  3. *********************************
  4.  
  5. Escherichia coli protein dps [1] is a DNA-binding protein, synthesized  during
  6. prolonged starvation,  that  seems  to  protect DNA from oxidative damage. Dps
  7. binds DNA without any apparent sequence specificity. It  is a protein of about
  8. 19 Kd  that  associates  into a complex  of 12 subunits  forming  two  stacked
  9. hexameric rings.
  10.  
  11. Proteins similar to dps have been found in other bacteria:
  12.  
  13.  - Antigen TpF1/TyF1 from Treponema pallidum and pertenue.
  14.  - A low-temperature induced protein from Anabaena variabilis.
  15.  - A hypothetical protein  encoded  in  the 5' region of a  gene coding  for a
  16.    bromoperoxidase, in plasmid pOP2621 of Streptomyces aureofaciens.
  17.  
  18. All these proteins  share  a conserved  region of  about 50 residues in  their
  19. central region.  We  have  developed  two signature patterns derived from both
  20. extremities of that region.
  21.  
  22. -Consensus pattern: H-W-x(3)-G-x(5)-[LIVM]-H-x-[LIVM]-x-[DE]
  23. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  24. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  25.  
  26. -Consensus pattern: [DE]-x-[LIVM]-A-E-R-x(3)-L-G-[GA]-x(3)-[AG]
  27. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  28. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  29.  
  30. -Last update: October 1993 / First entry.
  31.  
  32. [ 1] Almiron M., Link A.J., Furlong D., Kolter R.
  33.      Genes Dev. 6:2646-2654(1992).
  34.